মেসেঞ্জারের সব ধরনের চ্যাট ও কলে স্বয়ংক্রিয়ভাবে এন্ড টু এন্ড এনক্রিপশন ব্যবস্থা চালু করেছে ফেসবুকের মূল প্রতিষ্ঠান মেটা।মেসেঞ্জারে এর আগেও এনক্রিপশন ছিল, তবে তা নিজে থেকে চালু করতে হত। যার ফলে অনেক ব্যবহারকারী এ সম্পর্কে জানতেন না। অনেকে বিষয়টি সম্পর্কে অবগত হলেও সঠিক অপশন খুঁজে না পেয়ে ব্যবহার করার সুযোগ পাননি।এই ফিচারটি নিয়ে মেটা গত কয়েকবছর ধরে পরীক্ষা-নীরিক্ষা করছিল। কিছু সংখ্যক মেটা ব্যবহারকারী ফিচারটি উপভোগও করছিলেন।
সম্প্রতি সকল ব্যবহারকারীদের জন্য এটি উন্মুক্ত করা হলো। অর্থাৎ হোয়াটসঅ্যাপের মতোই ফেসবুক চ্যাট ও মেসেঞ্জারের চ্যাট এন্ড টু এন্ড এনক্রিপটেড হলো। একাধিক আন্তর্জাতিক গণমাধ্যমের খবরে বলা হয়, ফেসবুক চ্যাট ও মেসেঞ্জার থেকে এই ফিচারটি চালু করতে কিছুই করতে হবে না। স্বয়ংক্রিয়ভাবে মেটা ফেসবুক ও মেসেঞ্জার ব্যবহারকারীদের ফিচারটি চালু করে দিয়েছে।

বর্তমানে অনলাইনে নিরাপদ যোগাযোগের ক্ষেত্রে এন্ড টু এন্ড এনক্রিপশন সবচেয়ে গ্রহণযোগ্য ও বিশ্বস্ত নিরাপত্তা ব্যবস্থা। এনক্রিপটেড মেসেজের সঙ্গে বিশেষ কোড যুক্ত করা থাকে। যার ফলে যাকে মেসেজ পাঠাচ্ছেন, তিনি ছাড়া আর কেউ সে মেসেজ পড়তে পারেন না। প্রাপকের কাছে মেসেজ পৌঁছানোর পর স্বয়ংক্রিয় প্রক্রিয়ায় মেসেজটি ‘ডিকোড’ করে তাকে দেখানো হয়। কলের ক্ষেত্রেও বিষয়টি একইরকম। এনক্রিপটেড কলে কোনো তৃতীয় পক্ষের আড়িপাতার সুযোগ নেই।
যার ফলে, প্রেরক ও প্রাপক ছাড়া এই মেসেজ বা কলের বিষয়বস্তু অন্য কেউ জানতে পারেন না—এমন কী, ফেসবুক বা মেটা কর্তৃপক্ষও নয়।